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《浙江海洋大学》 2017年
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东海带鱼不同群体遗传多样性研究

卞光明  
【摘要】:带鱼(Trichiurus lepturus)隶属鲈形目(Perciformes),带鱼科(Trichiuridae),带鱼属(Trichiurus),是东海区最重要的经济鱼类,捕捞产量常年居于各种经济鱼类首位。本研究通过PCR技术扩增东海带鱼三个群体(群体A(122°32′E 29°55′N)、群体B(123°30′E 26°75′N)、群体C(124°24′E 27°26′N))线粒体COI和16S rRNA基因序列,对三个群体东海带鱼遗传多样性进行分析。在此基础上,利用直接测序法对舟山渔场-ZS(122°32′E 29°55′N)、温台渔场-WT(124°24′E 27°26′N)、鱼外渔场-YW(125°47′E 29°44′N)、闽东渔场-MD(122°54′E 26°41′N)带鱼群体的线粒体控制区及COI基因区域进行SNP位点挖掘与位点多态性进行研究。主要研究结果如下:1.对东海三个群体72尾带鱼线粒体COI和16S rRNA基因扩增,得到1130 bp的COI基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段,其中COI基因片段的T、C、A、G和A+T含量分别为29.0%、28.9%、24.4%、17.7%和53.4%;16S rRNA基因片段的T、C、A、G和A+T含量分别为22.7%、27.6%、28.0%、21.7%和50.7%,A+T含量均略高于C+G,与其他硬骨鱼类线粒体DNA COI和16S rRNA基因片段的碱基组成特征相符。COI基因片段检测出43个单倍型、49个多态位点、转换/颠换率为6;16S rRNA基因片段检测出8个单倍型、8个多态位点、转换/颠换率为7,两种基因序列变异均未达到饱和状态,COI基因片段比16S rRNA基因片段变异丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体首先聚在一起,存在不同群体间带鱼个体聚合。分析结果表明,群体A遗传背景较群体B、群体C丰富,群体内部个体差异大于群体间差异,群体间基因交流频率较高,遗传分化不明显,基于线粒体COI和16S rRNA基因序列东海带鱼三个群体的遗传多样性偏低。2.通过带鱼线粒体控制区以及COI基因序列的比对筛选,获得10个候选SNP位点,设计10组引物扩增相应的基因区域,结果发现,观测杂合度(Ho)分布范围为0.0625~0.2812,期望杂合度(He)分布区间在0.1190~0.3989,Tl-10位点极显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.01),其他9个SNP位点均符合连锁平衡,处于平衡状态(P0.05)。Tl-08、Tl-09位点的多态信息含量(PIC)分别为0.2713、0.3140,属于中度多态水平(PIC0.5),Tl-01、Tl-02、Tl-03、Tl-04、Tl-05、Tl-06、Tl-07位点的多态信息含量(PIC)处于0.1103~0.2125之间。
【关键词】:带鱼 线粒体基因 SNP 遗传多样性
【学位授予单位】:浙江海洋大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2017
【分类号】:S917.4
【目录】:
  • 摘要8-9
  • ABSTRACT9-13
  • 第一章 文献综述13-29
  • 1.1 东海带鱼资源现状13-16
  • 1.2 遗传多样性16
  • 1.3 线粒体标记16-20
  • 1.3.1 线粒体COI基因标记17-18
  • 1.3.2 线粒体 16S rRNA基因标记18-19
  • 1.3.3 线粒体控制区基因标记19-20
  • 1.4 SNP分子标记20-26
  • 1.5 带鱼的相关研究26-27
  • 1.6 本研究的目的与意义27-29
  • 第二章 基于线粒体标记分析东海带鱼遗传多样性29-41
  • 2.1 材料与方法29-33
  • 2.1.1 材料来源29-30
  • 2.1.2 实验仪器与试剂30
  • 2.1.3 实验步骤30-32
  • 2.1.4 数据处理32-33
  • 2.2 结果与分析33-38
  • 2.2.1 线粒体COI和 16S rRNA基因序列特征33-35
  • 2.2.2 群体遗传多样性35
  • 2.2.3 群体遗传分化35-38
  • 2.3 讨论38-41
  • 2.3.1 遗传多样性分析38-39
  • 2.3.2 群体间遗传结构39-41
  • 第三章 带鱼SNP位点开发及其遗传多样性分析41-49
  • 3.1 材料与方法41-45
  • 3.1.1 实验材料41-42
  • 3.1.2 实验方法42-44
  • 3.1.3 数据分析44-45
  • 3.2 结果与分析45-47
  • 3.2.1 带鱼PCR产物琼脂糖凝胶电泳结果45-46
  • 3.2.2 SNP位点多态性46-47
  • 3.2.3 SNP位点遗传多态性47
  • 3.3 讨论47-49
  • 结论49-50
  • 参考文献50-58
  • 致谢58-59
  • 在读期间科研成果简介59

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